No ano de 1943 a 5 de abril, um agente secreto da polícia nazista, a horrível Gestapo de Hitler, teve a ordem de capturar "um subversivo perigoso" que após o ter encontrado, conduziu-o à prisão de Tegel, nos arredores de Berlin, para ser processado.
Bonhoeffer era um pastor evangélico, um grande e renomado teólogo, um daqueles intelectuais que ninguém pensa que possa erguer-se contra o Estado, mas que era suspeito de ter participado num atentado falido contra a vida de Adolf Hitler. Segundo se pensava então, a ética luterana preferia não imiscuir-se nas questões do Estado, separando a religião da política.
Alguns colegas religiosos levaram Bonhoeffer a separar-se da sua comunidade para fundar uma própria; a diferença com comunidade anterior consistia na oposição aberta à política de Hitler
e ao espírito conservador, favorecido pela crise económica nazista, que tivera origem na crise económica e política que seguira à Primeira Guerra Mundial.
Bonhoeffer, quando jovem, decidiu seguir a carreira pastoral na igreja luterana. Doutorou-se em teologia em Berlin com a dissertação "Comunidade de Santos", influenciado por Karl Barth. Em 1930, em Nova York, foi influenciado pelo evangelho social e começou a se debater com o tema da Paz. Retornou a Berlin, onde foi ordenado em novembro e eleito secretário juvenil da União Mundial para a colaboração entre as igrejas. Em 1933, com a ascensão de Hitler ao poder, afasta-se do seio da igreja evangélica à qual pertencia. Numa palestra na rádio da igreja evangélica alemã, critica que ela se identifique com o Estado, sendo a transmissão interrompida. Muitos evangélicos acolheram o advento do nazismo e impediram que os não arianos" se tornassem ministros do culto.
Bonhoeffer foi contrário para não submeter os ensinamentos cristãos à ditadura nazista, dizendo que a igreja tinha de defender as vítimas, mesmo que não pertençam à comunidade cristã, como eram as mais atacadas, os judeus. Em Londres encontra-se com o Bispo católico George Kennedy que defendia as questões sociais. Em 1934 nasceu a igreja "Confessante", formada por dissidentes da igreja evangélica alemã, que se opunham ao nazismo. Após uma visita à Índia, onde se encontrou com Gandi, voltou à Alemanha para formar pastores para a igreja "Confessante", mas foi impedido de ensinar. Himmler declarou ilegal esta formação e o Seminário foi encerrado pela Gestapo. Em 1939 viaja para a América como representante do movimento Ecuménico protestante europeu. De novo em Berlin, continua a atividade de professor clandestino, a Gestapo afastou-o de Berlin e, em 1940, de falar em público, tendo no ano seguinte proibido a publicação dos seus escritos.
Em 1939 aproximou-se de um grupo de resistência e conspiração contra Hitler. Foi preso, em 1943, devido ter ajudado a saída de um grupo de judeus da Alemanha. Durante dois anos de prisão, antes da sua morte, através das suas cartas, mostrou a sua fé e o significado da fé cristã, num" "mundo que se tornava adulto", perguntando quem "é Cristo para nós hoje?". O cristianismo muitas vezes fugiu do mundo, tentando encontrar um último refúgio para Deus em um canto religioso, a salvo da ciência e do pensamento crítico." É exatamente a humanidade na sua força e maturidade que Deus exige e transforma em Jesus Cristo " a pessoa para os outros". Após um atentado fracassado contra Hitler em 1944, Bonhoeffer foi transferido para a prisão em Berlin, depois para o campo de concentração em Buchemvald, a seguir para o de Flessenburg onde, a 9 de abril de 1945, 10 dias antes das forças soviéticas libertarem Frosen, o campo onde foi enforcado, com seu irmão e dois cunhados. O médico do campo de concentração em 1955, Hermann Huellstrung, relatou o facto da seguinte maneira:". Pela porta entreaberta de uma sala do prédio do quarto, vi o pastor Bonhoeffer ajoelhar-se em profunda oração com o seu Senhor Deus antes de tirar as roupas dos prisioneiros (os executados deviam despir-se completamente e ir nus para a forca). Fiquei profundamente chocado com a forma devocional e certa de oração desse homem extraordinariamente simpático. Ele também ofereceu uma breve oração no local da execução e, então, com coragem e calma, subiu a escada para a forca. A morte ocorreu alguns segundos depois.
Nos meus quase 50 anos de atividade médica, dificilmente vi um homem morrer com tanta devoção. "Vós sois o sal da terra, disse Jesus no Sermão do Monte, porém se o sal perder a sua força, com que será ele salgado? Para nada mais serve senão para ser lançado fora e ser calcado pelos homens" (Mat. 5,13).